近年来教育网络课程的应用取得了较大成绩，但在实际应用中也暴露出了诸多问题，并已成为制约网络课程教学应用持续发展的瓶颈。由于网络课程的建设大多按政策要求而非学科发展需要进行，普遍存在重视技术性、忽视可用功能的现象，其课程结构、功能设置和呈现方式缺乏多样性和个性化，无法深入体现学科本职或课程特点，加上后期维护不足，资源更新缓慢，网络课程利用率普遍不高，应用的广度与深度普遍较低，针对任职教育特点的教学设计和教学策略的应用甚少，大多数只是以呈现教学材料为主，以学员自行学习为主，多数功能模块仅仅作为一种摆设，而未能真正利用起来。如答疑功能的使用未能引起重视，讨论交流的使用尚缺乏有效组织，学程信息记录的设计和使用还有待挖掘以及相关学习工具使用不足等。
当前，全校统一了网络课程开发和应用平台，网络课程的建设愈加便捷，各院校的网络课程教学应用也逐步推进，但实际应用中普遍存在重物轻人的现象院过多地把目光投向了网路课程技术和设备本身，却没有善用技术和设备来促进教育范式的变化；只注重教学内容的多样性、多媒体性，忽视了学习过程的管理，更缺乏必要的学习支持服务；对网络课程的可用性差深感不满，却缺乏对于创造性使用的激励措施，缺乏对人的主观能动作用的考量，以致网络课程教学的过程往往演变为一场场华丽的现代媒体走秀，甚至逐步成为一种异化的力量，失去了其最基本的人文向度和价值属性。
由于建设时考虑应用不够，建成后缺乏行之有效的运行管理制度，导致网络课程的应用普遍缺乏与学科专业教学的整合，许多内在优势得不到发挥，从而直接影响教学实际效果。据调查，虽然绝大多数教员和学员都喜欢网络课程授课方式，但认为网络课程教学效果较好的学员、教员不到半数，一些教员明显感到用网络课程授课学员的理解力和接受掌握能力不如传统课程；一些学员也认为网络课程呈现的资源固然很丰富，但一门课程学习下来，不大清楚掌握了什么；有的甚至认为网络课程的使用是在浪费时间。
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