专题学习网站所具有的结构化知识和扩展性学习资源，可以支持学习者进行基于资源的自主学习。目前专题学习网站的建设仍然以个人建设为主，网站的设计、开发、维护往往都是教师个人完成，由于教师个人精力和能力有限，所以形成的专题资源在质量和数量上也往往不够，达不到一个专题应有的资源量，在一定程度上降低了专题学习网站的专题性，很难形成有一定影响力的专题学习网站。同时，由于缺乏必要的协作和交流，往往会出现网站的重复建设和信息孤岛现象，也阻碍了优质专题资源的共享。
由于目前很多专题学习网站部署在校园局域网上，校外用户不能通过互联网访问，导致专题学习网站的应用仍然以小范围为主，缺乏协作和交流，应用效益不高，教师和学生也很难利用专题学习网站开展教研和学习。专题学习网站需要在一定的服务器环境下运行，一般网站会发布在学校服务器或网络服务提供商提供的空间上，一旦服务器提供者不再提供相应的服务，则网站就不能正常运行，已经建立的专题学习网站就不能发挥其应有的作用。这也是一些好的专题学习网站忽然不能访问的主要原因。同时使用网络服务还会产生一定的费用，而专题学习网站不是盈利性质的网站，没有收入来源，对教师而言网站的日常运维也是一笔不小的开销。同时专题学习网站建成后，需要不断地改进已有资源，补充新的资源，但目前许多专题学习网站甚至只是用于参加各种评比，不能有效地用于实际教学，评比结束网站也就随之消失。
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